1.การตรวจเฉพาะตำแหน่งกลายพันธุ์ ที่มีความจำเพาะต่อสายพันธุ์ที่น่ากังวลด้วยเทคนิค Real-time PCR สามารถทำได้ในระดับเขตภูมิภาค 

2.Target sequencing ตรวจการกลายพันธุ์ในตำแหน่งต่างๆ ทั้งที่ทราบข้อมูลการกลายพันธุ์อยู่แล้ว หรือค้นหาตำแหน่งการกลายพันธุ์ใหม่บนยีนสำคัญ เช่น ยีนหนามแหลม (spike)

3.Whole genome sequencing ตรวจข้อมูลทั้งจีโนมของเชื้อไวรัส เป็นวิธีหลักในการเฝ้าระวังสายพันธุ์เป็นไปอย่างครอบคลุมและมีประสิทธิภาพ ซึ่งการถอดรหัสพันธุกรรมทั้งจีโนมของเชื้อไวรัส SAR-CoV-2 เริ่มต้นที่ 9,000 ตัวอย่างเพื่อให้มีข้อมูลพอเพียงต่อการควบคุมโรค และการบริหารวัคซีนโควิด 19 โดยจะดำเนินการต่อเนื่องไปอย่างน้อย 6 เดือน 

นพ.ศุภกิจ กล่าวเพิ่มเติมว่า รายงานการพบเชื้อไวรัสก่อโรคโควิด19 สายพันธุ์ที่น่ากังวลในประเทศไทยจากการระบาดระลอกเดือนเมษายนถึง พฤษภาคม 2564 กรมวิทยาศาสตร์การแพทย์ได้เฝ้าระวังสายพันธุ์ที่น่ากังวล 3 สายพันธุ์ ประกอบด้วย สายพันธุ์อัลฟา (อังกฤษ) จำนวน 3,595 ตัวอย่าง สายพันธุ์เบตา (แอฟริกาใต้) จำนวน 26 ตัวอย่าง และสายพันธุ์เดลตา (อินเดีย)จำนวน 235 ตัวอย่าง พบว่า

1.สายพันธุ์อัลฟา เป็นต้นเหตุของการระบาดในเดือนเมษายนและพฤษภาคม 2564 พบเกือบทุกจังหวัด และเข้ามาแทนสายพันธุ์ที่เคยระบาดอยู่ในประเทศไทย

2.สายพันธุ์เดลตา พบรายงานครั้งแรกในเขตกรุงเทพมหานคร และมีการระบาดออกไปในภาคเหนือและภาคอีสานตามกลุ่มแรงงานที่เดินทางกลับบ้านจากกรุงเทพมหานครในช่วงระบาด

3.สายพันธุ์เบตา พบรายงานครั้งแรกในจังหวัดชายแดนภาตใต้ เนื่องจากสายพันธุ์นี้ระบาดในรัฐกลันตันของประเทศมาเลเซีย พบได้จากกลุ่มบุคคลที่เดินทางข้ามพรมแดนไทยและมาเลเซีย ซึ่งต้องเฝ้าระวังใกล้ชิดสำหรับผู้ป่วยในจังหวัดปัตตานี สงขลา และนราธิวาส

ศ.เกียรติคุณ ดร.วสันต์ จันทราทิตย์ หัวหน้าศูนย์จีโนมทางการแพทย์ คณะแพทยศาสตร์ โรงพยาบาลรามาธิบดี มหาวิทยาลัยมหิดล กล่าวว่า ศูนย์จีโนมทางการแพทย์ มีการตรวจสอบรหัสพันธุกรรมไวรัสก่อโรคโควิด19 ใน 3 รูปแบบ คือ                                                                   

1.ตรวจสอบรหัสพันธุกรรม 40 ตำแหน่งอย่างรวดเร็วภายใน 1-2 วัน เพื่อแยกแยะไวรัสสายพันธุ์ที่เป็นปัญหาในประเทศ ด้วยเทคโนโลยี “MassArray” สามารถตรวจตัวอย่างส่งตรวจได้ 1,000 ตัวอย่างต่อสัปดาห์

2.ถอดรหัสพันธุกรรมเชื้อไวรัสก่อโรคโควิด 19 ทั้งจีโนมด้วยเทคโนโลยีการถอดรหัส “สายยาว” Long-Read Sequencing ด้วย Oxford-Nanopore Technologies (ONT) sequencing เวลาดำเนินการ 2 วัน เหมาะสำหรับการตรวจไวรัสลูกผสม (hybrid of COVID-19 variants) หรือการติดเชื้อสองสายพันธุ์ในคนเดียวกันในเวลาเดียวกัน (co-infection) 

3.ถอดรหัสพันธุกรรมเชื้อไวรัสก่อโรคโควิด 19 ทั้งจีโนมด้วยเทคโนโลยีการถอดรหัส “สายสั้น” Short-Read Sequencing ด้วย Next-generation DNA sequencing (NGS) เวลาดำเนินการ 4-5 วัน เพื่อติดตามการกลายพันธุ์ของไวรัสโควิด-19  (COVID-19 variants)

จากการวิเคราะห์ Phylogenetic analysis หรือการสืบสายพันธุกรรม พบว่าประเทศไทยตรวจพบสายพันธุ์เชื้อไวรัสก่อโรคโควิด-19 ได้หลากหลาย และเมื่อวิเคราะห์สายพันธุ์เปรียบเทียบกับที่พบระบาดทั่วโลก พบว่าเชื้อกลายพันธุ์ส่วนใหญ่เป็นเชื้อที่นำเข้ามาจากประเทศอื่น ในปัจจุบันประเทศไทยไม่พบการกลายพันธุ์ที่พบได้เฉพาะในประเทศ ซึ่งการระบาดครั้งนี้มีการติดเชื้อใหม่เป็นจำนวนมากต้องเฝ้าระวังการกลายพันธุ์ในประเทศอย่างใกล้ชิดเพื่อป้องกันการระบาดของไวรัสกลายพันธุ์ใหม่ (new variant) ไวรัสลูกผสม (hybrid of COVID-19 variants) และการติดเชื้อต่างสายพันธุ์ในคนเดียวกัน (co-infection) ที่อาจเกิดขึ้นได้ในอนาคต

ศ.นพ.ยง ภู่วรวรรณ หัวหน้าศูนย์เชี่ยวชาญเฉพาะทางด้านไวรัสวิทยาคลินิก คณะแพทยศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย กล่าวเพิ่มเติมถึงเรื่องผลกระทบจากการกลายพันธุ์ของเชื้อไวรัสก่อโรคโควิด19 ว่าจากข้อมูลที่มีรายงานทั่วโลกการกลายพันธุ์เป็นวิวัฒนาการของสิ่งมีชีวิตไวรัสโควิด-19 ก็มีการกลายพันธุ์เพื่อความอยู่รอดของไวรัส  ไวรัสที่กลายพันธุ์และแพร่กระจายได้ง่ายก็จะแพร่ขยาย และกลบสายพันธุ์เดิมที่มีการแพร่กระจายได้น้อยกว่า แต่เดิม สายพันธุ์อู่ฮั่น เรียกง่าย ๆ เป็นสายพันธุ์ S และ L สายพันธุ์ L แพร่ได้มากกว่า จึงกระจายมากในยุโรปและการกลายพันธุ์เป็นสายพันธุ์ G และ V ต่อมาสายพันธุ์ G  แพร่ได้ง่ายจึงกระจายทั่วโลกและแทนที่  สายพันธุ์อู่ฮั่น หลังจากนั้นสายพันธุ์แอลฟ่า (อังกฤษ) แพร่กระจายได้ง่ายจึงกลบสายพันธุ์ G เดิม ตอนนี้มีสายพันธุ์เดลตา (อินเดีย) ที่แพร่กระจายง่ายกว่าสายพันธุ์อัลฟาเข้ามา  ทำให้เกรงกันว่าสายพันธุ์เดลตาจะทำให้ระบาดเพิ่มขึ้น และมาแทนสายพันธุ์อัลฟาในอนาคต ส่วนสายพันธุ์ที่น่ากังวล (VOC) เป็นสายพันธุ์ที่มีการกลายพันธุ์ในตำแหน่งที่หลบหลีกภูมิต้านทานได้ ทำให้ประสิทธิภาพของวัคซีนลดลง  จึงต้องมีการเฝ้าระวังเป็นพิเศษ สายพันธุ์ดังกล่าวคือ เบตา และ แกมมา ทั้งสองสายพันธุ์แพร่กระจายได้น้อยกว่าสายพันธุ์อัลฟา และเดลตา การศึกษาของศูนย์เชี่ยวชาญเฉพาะทางด้านไวรัสวิทยาคลินิก จุฬาฯ ในคนไทยที่กลับจากต่างประเทศตรวจพบเชื้อ SAR-CoV-2 ได้เกือบทุกสายพันธุ์ ทำให้สามารถพัฒนาวิธีตรวจเฝ้าระวังการกลายพันนธุ์ที่แม่นยำและทำได้รวดเร็ว ในขณะนี้ยังติดตามเฝ้าระวังสายพันธุ์ใน State Quarantine และ Alternative state quarantine อย่างต่อเนื่อง เพื่อให้มั่นใจว่าผู้ป่วยที่เข้ามาทางสนามบิน จะมีโอกาสน้อยมากที่จะแพร่กระจายโรค ที่ผ่านมาการระบาดเกิดจากการลักลอบผ่านชายแดนเข้ามา ขอฝากประชาชนที่จะจ้างแรงงานต่างด้าวที่ลักลอบผ่านชายแดนเข้ามาให้ความร่วมมือกับภาครัฐแจ้งเบาะแสเพื่อป้องกันการแพร่ระบาดของสายพันธุ์น่ากังวล เพราะเชื้อเหล่านี้จะทำให้เกิดการระบาดรุนแรงในประเทศไทยได้