- สำนักงานเลขานุการกรม
- กองแผนงานและวิชาการ
- ศูนย์เทคโนโลยีสารสนเทศ
- สำนักเครื่องสำอางและวัตถุอันตราย
- สถาบันวิจัยสมุนไพร
- สถาบันวิจัยวิทยาศาสตร์สาธารณสุข
- สำนักมาตรฐานห้องปฏิบัติการ
- กลุ่มพัฒนาระบบบริหาร
- สถาบันชีววัตถุ
- สำนักยาและวัตถุเสพติด
- สำนักคุณภาพและความปลอดภัยอาหาร
- สำนักกำกับพระราชบัญญัติเชื้อโรคและพิษจากสัตว์
- กลุ่มคุ้มครองจริยธรรม
- สถาบันชีววิทยาศาสตร์ทางการแพทย์
- สำนักวิชาการวิทยาศาสตร์การแพทย์
- สำนักรังสีและเครื่องมือแพทย์
- ศูนย์รวมบริการ (ศูนย์วิทยาศาสตร์การแพทย์ที่ 4 )
- กลุ่มตรวจสอบภายใน
- กองคลังและพัสดุ